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La pollution des eaux de surface ne se limite pas à la colonne d'eau elle-même. Après tout, un certain nombre de substances ont tendance à se lier à la poussière en suspension. Lorsque cette poussière en suspension se dépose, elle forme le lit d'eau ou la couche de sédiments avec les polluants qui y sont attachés. La pollution des lits d'eau est souvent le résultat d'une pollution historique avec des métaux lourds, des pesticides, des PCB... La qualité des lits d'eau flamands est surveillée depuis un certain temps avec la méthode de la triade. Cette méthode intègre les résultats d'analyses chimiques, biologiques et écotoxicologiques et permet de classer les lits d'eau en classes de qualité allant de non contaminés à fortement contaminés.
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